ADN et pré-histoire

Il y a quelques temps, j'avais mis en ligne le texte suivant sur un forum d'histoire. Or, comme je suis assez peu l'actualité en bio, j'aimerais savoir s'il n'y a pas de nouvelles découvertes qui sont venues modifier certaines des choses que j'ai écrites :

Citation :

Depuis un peu plus d'une décennie les études de l'ADN ancien sont utilisés en anthropologie pour améliorer la compréhension des filiations entre les diverses espèces (animales ou humaines), mais aussi à l'intérieur de ces mêmes espèces, Ces études apportent beaucoup de renseignements, mais, du fait de la méconnaissance du public, celui-ci à tendance à extrapoler ces résultats ou, au contraire, à les rejeter car il ne les comprend pas. L'analyse de cet ADN ancien est réalisé par des paléogénéticiens. Il s'agit de généticiens spécialisés dans les spécificités de ce type d'études.

Avant toute chose, il convient de garder à l'esprit que l'ADN est facilement détérioré au fil du temps. On ne trouve donc que des séquences courtes encore intactes. Les études portent sur des séquences entières, elles ne seraient pas exploitables sur des fragments partiels.
Dans nos cellules, il y a 2 types d'ADN. Le premier, l'ADN nucléaire, parce qu'il se trouve dans le noyau de la cellule porte le message génétique qui sert au bon fonctionnement de notre corps et de ses cellules. Le second, l'ADN mitochondrial, se trouve dans les mitochondries qui sont des minuscules organites inclus dans nos cellules. Il se transmet essentiellement par voie matrilinéaire. Comme, il y a plus d'ADN mitochondrial que d'ADN nucléaire, on va rechercher préférentiellement des séquences du premier. La séquence de référence actuelle de l'ADN mitochondrial est longue de 16569 paires de bases.
Les études portent toujours sur des sections non codantes de l'ADN. La raison en est simple, les sections codantes sont contraintes par la sélection naturelle. Certains gènes n'existent ainsi qu'en quelques allèles différents. Hors de cette bibliothèque restreinte, il n'y a pas de vie possible. Les sections non codantes ne sont pas tenues par de telles contraintes et peuvent donc muter tout à loisir.
Mais, on se retrouve rapidement devant une nouvelle contingence. Il faut que la section recherché a une certaine variabilité. Une portion non variable n'apporterait pas d'informations sur la filiation entre les divers fossiles. Une portion trop variable, par exemple qui varierait à chaque génération, perdrait tout intérêt au bout d'un certain nombre de générations. Il faut aussi que cette variabilité soit bien décrite et bien connue, c'est le cas par exemple des « régions hypervariables I et II ». Elles sont respectivement longues de 400 et 250 paires de bases.
De tout cela que faut-il retenir ?
- Que malgré le fait que 246 millions de paires de bases composent notre ADN, il est normal que les analyses portent sur de courtes séquences.
- Qu'elles sont probantes, malgré le fait qu'elles portent sur de courtes séquences.
- Qu'elles ne concernent que la filiation matrilinéaire. La filiation patrilinéaire impose de faire des analyses de l'ADN nucléaire, ce qui est impossible sur de l'ADN trop ancien.

http://anthro.unige.ch/fr/cours/1333/doc/corboud/MODULE-10/ADN-ancien.pdf
http://bmsap.revues.org/document524.html
http://www.didac.ehu.es/antropo/2/2-1/Keyser.pdf
http://ist.inserm.fr/BASIS/medsci/fqmb/medsci/DDD/6238.pdf

Pour écrire ceci, je me suis inspiré d'articles parus dans les Dossiers de la Recherche. Merci d'avance aux divers contributeurs.

C'est le domaine d'AL, à moi ca me semble assez juste mais je ferai quelques commentaires:

- L'ADN est particuliérement résistant aux dégradations du temps au contraire de ce qui est écrit. Il est formé de 2 molécules antiparallèles fortement liées et entourées d'un tas de protéines (beaucoup résistantes par contre). Ca ne l'empêche pas de se détériorer quand même, ca dépend beaucoup des conditions de conservations évidemment.
- fragments partiels est un pléonasme.
- Les 2 phrases suivantes se contredisent:
"Les études portent sur des séquences entières, elles ne seraient pas exploitables sur des fragments partiels."
"Que malgré le fait que 246 millions de paires de bases composent notre
ADN, il est normal que les analyses portent sur de courtes séquences."
- Contingence est mal placé (faut dire que c'est pas facile à placer ). La contingence représente le caractère aléatoire d'une chose.
La chute d'un météorite sur la terre est une contingence par exemple (ou un évènement contingent). La rotation de la terre autour du soleil n'en est pas

Stephane

En effet, c'est exactement mon domaine
(c'est mon sujet de these et la specialité de mon equipe actuellement).

En gros ton texte est correct (pas d'erreur majeure). Tes references sont bien meme si 2 ne marchent plus . A noter qd meme que sur ces supports ont a le plus souvent de l'ADN mitochondrial et qu'il ne faut pas hesiter a voir les publis avec un regard critique en terme de contamination (car trouver un ADN c'est bien mais encore faut il que ce soit celuide l'os et pas celui du preleveur ou pire de l'analyste !... mais c'est un autre debat. A titre d'exemple qd meme il y a eu une publi dans nature sur un os de dinsaure qui donnait une sequence d'ADN... humain !!! Chercher l'erreur

Ah oui aussi, concernant l'ADN mitochondrial: la transmission est EXCLUSIVEMENT maternelle, pas essentiellement !!! C'est ce qui fait toute la difference (notament pour les etudes de population et pour nous en analyse criminalistiques !).

Pour reprendre les commentaires de steph :

- La vitesse de degradation de l'ADN est EXTREMEMENT liés aux conditions de conservation. En gros plus c'est froid et sec mieux c'est... et en absence de bacteries. Ainsi on va retrouver des ossements de 50 000ans qui donnent de l'ADN alors que certains de seulement qq années sont infructeux. Il a été calculé qu'en théorie, dans des condidtions optimale la limite pour retrouver de l'ADN est de 200 000ans.

- La notions de fragments partiels me convient bien, car au depart tu analyses forcement des fragments d'ADN (tu ne sequences pas tt le genome). et sur le fragment que tu vises (à savoir en ADN mito, HV1 et HV2), tu ne n'obtient parfois qu'une partie de celui-ci. D'ou le fragment partiel (avec fragment au sens de region).

- Il est vrai que ces deux phrases sont plutot obscures. En fait si on travaille sur des petites portions, c'est simplement à cause de la dégradation de l'ADN, afin d'augmenter nos chances de reussite ! Ensuite on cible certaines regions (petites aussi) car c'est celel qui sont polymorphes, donc utiles.
Donc en résumé deux niveau de reduction : des petites régions polymorphes, qu'on aanalyses elles-meme en petit morceaux.



-

Steph a écrit:

- Contingence est mal placé (faut dire que c'est pas facile à placer ). La contingence représente le caractère aléatoire d'une chose.

Puisqu'on parle d'histoie, estce parce que le choix des appelés du contingent était tiré au sort autrefois qu'on les appelle ainsi, oou parce qu'une balle est démocratique et égalitaire et ne fait aucune différence entre les appelés pour choisir celui qu'elle va trouer ?

PeM

contingent:partie qui tombe a quelqu'un dans la division de quelque chose... (Littré) mais en plus désigne un tas de machins philosophiques dont je n'ai jamais entendu parler...
Blondie

et en tt cas c'est un terme jamais usité en ADN ancien

Bon, contingence ne parait pas être le terme le plus heureux dans ce contexte. Désolé, c'est le seul qui m'était venu à l'esprit.


Pour la durée de conservation et surtout la dégradation de l'ADN, j'avais trouvé ceci : http://www2.cnrs.fr/presse/communique/997.htm

Citation :

L'ADN conservé dans des os en cours de fossilisation se dégrade jusqu'à 50 fois plus lors du stockage dans un musée, que lorsque ces os sont enfouis dans le sol. C'est ce que vient de démontrer l'équipe de paléogénétique dirigée par Eva-Maria Geigl (Institut Jacques Monod / CNRS – Paris). Publiée dans la revue PNAS le 8 janvier 2007, cette étude révèle que, pour une meilleure réussite des analyses paléogénétiques, les ossements archéologiques et paléontologiques doivent être traités comme des échantillons biologiques (1) pendant et après leur prélèvement. Cette découverte implique une nouvelle méthodologie de prélèvement, de traitement et de conservation des fossiles. Elle ouvre également de nouvelles perspectives d'investigation par approche paléogénétique de fossiles fraîchement prélevés.

narduccio a écrit:

Bon, contingence ne parait pas être le terme le plus heureux dans ce contexte. Désolé, c'est le seul qui m'était venu à l'esprit.


Pour la durée de conservation et surtout la dégradation de l'ADN, j'avais trouvé ceci : http://www2.cnrs.fr/presse/communique/997.htm

moauis...
La encore, ca depends du musée et du type de sol...
Entre un os sur une etagere ventilée, et un os dans un sol humide, je prefere l'etagere de tres loin !!!

Si tu veux une reference en matiere de degradation de l'ADN, c'est un article de Cell (j'ai plus la ref sous la main, vu que suis en plein demenagement ma these est dans un carton...).

Mais c'est vrai qu'une conservation au frais (comme pour les prelevement bio), c'est forcement bien (c'est pas une nouveautés).

Ces recherches ont-elles bien pour but d'affiner nos connaissances sur l'arbre généalogique des espèces
Remettent-elles en cause des théories établies ?
Blondie, curieuse

Ce n'est pas un sujet qui me passionne mais je crois avoir lu dans Nature qu'on a récemment remis pas de choses en cause dans les premiers hominidés.
Pour ce qui est des autres espèces, cela arrive fréquemment que de telles études mènent à une nouvelle proposition de classification.
La systématique est une science particulièrement apte à la remise en queston et je trouve ca passionnant.

Stephane

AL a écrit:

Ah oui aussi, concernant l'ADN mitochondrial: la transmission est EXCLUSIVEMENT maternelle, pas essentiellement !!! C'est ce qui fait toute la difference (notament pour les etudes de population et pour nous en analyse criminalistiques !).

Il me semblait que de façon très exceptionnelle il arrivait que des mitochondries soient transmises par le spermatozoïde ???

Citation :

et en tt cas c'est un terme jamais usité en ADN ancien

Je connais ce mot depuis que j'ai lu la bilogie de Stephen Jay Gould La vie est belle et l'évantail du Vivant... Mais ok, il parle de trucs qu'on plus d'ADN depuis belle lurette !

yoda a écrit:

AL a écrit:

Ah oui aussi, concernant l'ADN mitochondrial: la transmission est EXCLUSIVEMENT maternelle, pas essentiellement !!! C'est ce qui fait toute la difference (notament pour les etudes de population et pour nous en analyse criminalistiques !).

Il me semblait que de façon très exceptionnelle il arrivait que des mitochondries soient transmises par le spermatozoïde ???

Euhhh, j'étais aussi resté sur cette idée... Exceptionnel, mais pas exclusif.

narduccio a écrit:

Exceptionnel, mais pas exclusif.

Tu voulais dire "pas exclu" plutôt ?

yoda a écrit:

narduccio a écrit:

Exceptionnel, mais pas exclusif.

Tu voulais dire "pas exclu" plutôt ?

Je voulais dire que cela arriverais parfois, mais très, très rarement.

yoda a écrit:

AL a écrit:

Ah oui aussi, concernant l'ADN mitochondrial: la transmission est EXCLUSIVEMENT maternelle, pas essentiellement !!! C'est ce qui fait toute la difference (notament pour les etudes de population et pour nous en analyse criminalistiques !).

Il me semblait que de façon très exceptionnelle il arrivait que des mitochondries soient transmises par le spermatozoïde ???

Il y a en effet une trasmission des mito par le speramto, mais les mito "males" sont toutes eliminées (elles sont marqués de prot de surface qui entraine leur destruction (j'ai un trou sur le nom du mecanisme)...

Les seuls cas ou une tramission paternelle a été montrés sont des cas TRES pathologiques (syndromes multiples, soucis respiratoires et deletion massive de portion du geneome nt et mito). Donc dans les cas normaux pas de transmission paternelle.

AL a écrit:

Les seuls cas ou une tramission paternelle a été montrés sont des cas TRES pathologiques (syndromes multiples, soucis respiratoires et deletion massive de portion du geneome nt et mito). Donc dans les cas normaux pas de transmission paternelle.

C'est sans doute de ça dont j'ai entendu parler...